Su objetivo y el de toda su familia era llegar a la primera división del Lobo, club del que es hincha confeso y al cual llegó desde muy pequeño, pero un altercado que se vivió en el complejo deportivo de Estancia Chica entre su padre y el coordinador de las divisiones formativas de Gimnasia que derivó en una pelea la conducción de Mariano Cowen determinó de manera unilateral terminar con su estadía en el club.
Tras quedar sorpresivamente en libertad de acción (junto a su hermano Rodrigo) Jonatan Rodríguez estuvo muy cerca de ser de desembarcar en Boca y de hecho estuvo practicando durante varias semanas pero cuando se debía concretar su llegada el traspaso se trabó y no pudo concretarse. El lateral izquierdo siguió trabajando de manera manera particular a la espera de resolver su futuro y a través de un posteo en su cuenta de instagram confirmó que es nuevo jugador de Banfield.
El futbolista, categoría 2006, ya forma parte del plantel de quinta división que comanda tácticamente Fabián "Tolo" Berruti, está muy bien considerado y de hecho disputó los amistosos de preparación frente a River y Temperley. Recordemos que el torneo de juveniles comenzará el sábado 16 de marzo y tendrá un condimento especial para Jonatan Rodríguez ya que el debut será en condición de local frente a Estudiantes y en la decimoquinta jornada se medirá frente a sus ex compañeros teniendo en cuenta que recibirán a Gimnasia.
Cabe destacar que de momento su hermano mayor Rodrigo Rodríguez, ex integrante de la reserva albiazul y también dejado libre por la dirigencia, de momento no resolvió su futuro y continúa entrenándose de manera particular.
