En abril del 2024 se convirtió en el entrenador del Lobo en reemplazo de Leonardo Madelón para tener su primera experiencia en el fútbol argentino, donde ya había estado como jugador en Independiente de Avellaneda, y su segundo ciclo fuera de Uruguay teniendo en cuenta que previamente había comandado San Luis de México.
La apuesta deportiva de Marcelo Gauna y la secretaria técnica arrancó de muy buena manera pero con el paso de los meses el proceso, producto de la falta de refuerzos y de futbolistas de jerarquía, se desdibujó y tras dos derrotas en el arranque del Torneo Apertura de la Liga Profesional ante Instituto y San Lorenzo presentó la renuncia.
Méndez se marchó luego de haber dirigido 32 partidos, de los cuales ganó diez, empató ocho y cayó en catorce oportunidades con la eliminación en Copa Argentina por penales ante Boca. Su ciclo obtuvo 38 de los 96 puntos posibles y alcanzó una efectividad de apenas el 39,58% de efectividad.
Sin embargo en las últimas horas volvió a conseguir trabajo ya que fue anunciado como el nuevo entrenador de Montevideo City Torque y de este modo retornará a trabajar a Uruguay donde ya estuvo al frente de Defensor Sporting, Liverpool y Danubio.
A través de las redes sociales le dieron la bienvenida y expresaron: "Felices de tenerte con nosotros, Marcelo! ". Cabe destacar que en su nuevo club tendrá al ex defensor de Gimnasia Guillermo Fratta, al ex mediocampista creativo Esteban Obregón y en breve sumará al volante del Pincha Bautista Kociubinski.
Méndez tendrá de principales colaboradores a Leonardo López y Mauricio Quezada y Gabriel Miraballe será su preparador físico quienes también trabajaron en Gimnasia. En el cargo reemplazará a Martín Cicotello, quien dirigió en nuestro país a Independiente Rivadavia de Mendoza. ¿Pedirá de refuerzo algún futbolista de Gimnasia para afrontar el torneo uruguayo?